据美国《纽约时报》报道，部分科学家开始对多家企业和科研单位联手利用转基因技术研制可用于提取生物燃料的海藻表示担忧。“超过百家院校都在致力于用基因工程优化藻类产生的生物燃料。”科罗拉多矿业学院的助理化学教授马修·C·波泽威茨说。
但是致力于转基因藻通常意味着要把其它生物的基因复制粘贴到藻类的基因内，有专家担心这些藻类会对环境造成不好的影响。地球上多数的氧气都是这些单细胞光合作用的生命制造的，它们还是海洋食物链的基础。
美国能源部负责可再生能源事务的副助理部长史蒂文·G·乔克表示，任何联邦资金项目，其中也包括接受联邦资金的海藻炼油项目，都必须接受环境评估。但是他说，风险评估应当具体问题具体分析，并不是对所有可能的转基因藻进行评估。
